Замятин Владимир Игоревич
- Младший научный сотрудник:Факультет компьютерных наук / Институт искусственного интеллекта и цифровых наук / Международная лаборатория биоинформатики
- Начал работать в НИУ ВШЭ в 2024 году.
Полномочия / обязанности
Проведение исследования
Применение подходов машинного обучения для понимания динамической регуляции генетических программ и роли альтернативных структур ДНК и хроматина в клеточных процессах.
Выполнение отдельных заданий в рамках решения задач исследования
Анализ генома данных секвенирования следующего поколения, разработка модели машинного обучения, ведение проекта и его описание в Github, написание текста статей, написание отчетов о научной работе.
Проводить исследования, эксперименты, наблюдения, измерения на основе методики, предложенной ответственным исполнителем
Образование
- 2020
Специалитет: Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, специальность «Биология», квалификация «Магистра»
- 2018
Бакалавриат: Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, специальность «Биология», квалификация «Бакалавр»
Публикации1
Опыт работы
MSU AI INSTITUTE
Junior Researcher
Июл 2022 - Дек 2023
В научной группе "ИИ в биоинформатике и медицине" были следующие обязанности:
1. Разработка и оптимизация алгоритмов и программ для аннотации клеточных типов в данных single-cell РНК-секвенирования.
2. Исследование и анализ single-cell ассоциированных RNA-seq экспериментов в базах данных NCBI GEO, SRA и других ресурсах для получения релевантной информации.
3. Анализ и интерпретация клеточных фотографий из базы данных Cell Painting с использованием биоинформатических методов.
4. Разработка и оптимизация конвейера обработки сырых данных scRNAseq для получения качественных и надежных результатов.
5. Интеграция и анализ данных single-cell РНК-секвенирования с другими типами данных, такими как геномные, эпигеномные и протеомные данные.
6. Разработка и применение статистических методов для идентификации дифференциально экспрессированных генов и клеточных подтипов в данных single-cell РНК-секвенирования.
7. Визуализация и интерпретация результатов анализа single-cell данных с использованием специализированных инструментов и программного обеспечения.
ГОСУДАРСТВЕННЫЙ НАУЧНЫЙ ЦЕНТР ВИРУСОЛОГИИ И БИОТЕХНОЛОГИИ "ВЕКТОР" РОСПОТРЕБНАДЗОРА
Research Assistant
Ноя 2021 - Дек 2022
В теоретическом отделе занимался разработкой программного комплекса для проектирования эпидемиологических моделей на примере инфекции, вызванной коронавирусом SARS-CoV-2 на территории РФ.
ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР ИНСТИТУТ ЦИТОЛОГИИ И ГЕНЕТИКИ СИБИРСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК
Programmer
Ноя 2020 - Авг 2022
В рамках сопровождения конференций занимался разработкой и поддержкой сайтов на WordPress с сопутствующей аналитикой. Примеры:
https://bgrssb.icgbio.ru/2020/
https://bgrssb.icgbio.ru/2022/
https://conf.icgbio.ru/sbb-plantgen-2021/
ООО "РУДЖИН" a.k.a NovelSoftwareSystem
Lead coder
Сен 2020 - Дек 2023
Парсинг SRA/BioSample.
Изучение документации eutils и взаимодействие с NCBI через eUtils.
Написание и отладка скриптов для работы с eUtils и обработка данных SRA/BioSample.
Изучение структуры NCBI FTP и работы с xml данными SRA и BioSample.
Изучение и использование библиотеки pysradb для работы с данными SRA.
Работа над пайплайном для scRNA-seq данных, включая изучение SQLite, ORM, и методов экстракции интересующих полей.
ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР ИНСТИТУТ ЦИТОЛОГИИ И ГЕНЕТИКИ СИБИРСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК
Senior Assistant
Окт 2017 - Авг 2020
1.Реконструкция генных сетей заболеваний человека, связанных с нарушением энергетического метаболизма и глухоты
2.Биоинформатический анализ генов, входящих в генные сети заболеваний человека, связанных с нарушением энергетического метаболизма и глухоты